AMBER生物分子動力模擬工作站配置推薦

Amber是專門針對生物分子系統(tǒng)模擬而開發(fā)的分子動力學應用程序，AMBER 支持 GPU 加速，可運行顯式溶劑 PME 和隱式溶劑 GB 模擬。AMBER 在NVIDIA GPU 上的運行速度比僅使用 CPU 的系統(tǒng)快 15 倍，從而使用戶運行生物分子模擬的時間從幾天縮短到幾小時.




（一）Amber分子動力學模擬軟件計算特點
Amber分子動力學模擬軟件由AmberTools19和Amber18組成，其中：

AmberTools 19（開源的）是由幾個獨立開發(fā)的軟件包組成，這些軟件包可以單獨使用，也可以與Amber18一起使用。該套件還可以用于使用顯式水模型或廣義Born溶劑模型進行完整的分子動力學模擬，包含：
• Sander：用于分子動力學模擬的主力程序，包括組合的量子力學/分子力學（QM / MM）功能，不支持GPU加速
• tleap and parmed：用于Amber模擬的基本準備工具
• NAB / sff：一種語言環(huán)境，用于編寫專門處理分子結構的程序。基于分子力場計算和距離幾何的建模
• antechamber和MCPB：創(chuàng)建用于一般有機分子和金屬中心的力場的程序
• sqm：半經驗和DFTB量子化學程序
• pbsa：執(zhí)行Poisson-Boltzmann模型的數值解(支持GPU 加速)
• 3D-RISM：求解積分方程模型以進行溶劑化
• mdgx：一個主要通過參數擬合來突破Amber MD界限的程序。還包括可自定義的虛擬站點和顯式的溶劑MD功能。
• cpptraj和pytraj：分析軌跡結構和動力學的工具
• MMPBSA.py和Amberlite：基于能量的MD軌跡分析

Amber18（商業(yè)版）軟件包通過添加PMEMD程序在AmberTools18上構建，支持GPU加速，該程序類似于AmberTools中的sander（分子動力學）代碼，但在多個CPU上提供了更好的性能，并在GPU上顯著提高了速度。

關于GPU計算卡
支持顯卡型號
游戲卡類：Titan RTX、RTX 2080Ti、RTX2080S、RTX2070S、RTX2060S
專業(yè)卡類：Titan V、Tesla V100、Quadro GV100

GPU卡求解規(guī)模

Amber GPU加速測試

（二）Amber分子動力模擬計算硬件配置推薦

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